A Secretaria do Meio Ambiente do Município de Flor da Serra do Sul foi criada pela Lei nº 088/97 art. 250 e art. 260 sendo o Órgão que tem por finalidade:

I – Manutenção e melhoria dos recursos naturais;
II – Preservação da flora e da fauna;
III – Desenvolvimento de projetos visando à proteção de fontes, nascentes, afluentes e rios do território do Município, com a implantação de matas ciliares;
IV – Desenvolver projetos na área de conservação do solo; repovoamento de matas e áreas de alto desnível;
V – Elaboração e execução de programas, objetivando a conservação do meio ambiente;
VI – Elaboração de convênio com as esferas estaduais e federais, no sentido de emissão de programas e projetos que visem a conscientização do homem quanto ao meio-ambiente, como premícia a recuperação das bacias hidrográficas do Município, com repovoamento com peixes de espécies próprias dos rios do Município;
VII – Implantar a educação ambiental nas escolas municipais de 1ª a 4ª série;
VIII – Dar destino as embalagens de defensivos na área agrícola;
IX – Apoiar, promover e realizar campanhas, atividades e outros, visando sensibilizar a população para a ação de defesa da cidadania e melhoria na qualidade ambiental.

dispõe que a Secretaria do Meio Ambiente compõe-se do seguinte Departamento, diretamente subordinada ao Titular:
I – Departamento de Meio Ambiente